El peritaje independiente se realiza a partir de las recomendaciones y conclusiones del informe de la misión de verificación. Las partes se reunieron el 5 de junio del 2013 para analizar los términos de referencia finales y posibles candidatos para el peritaje independiente mencionado. Los peritos escogidos son los Drs. Luis López (aspectos hidráulicos), y Gonzalo Castro de la Mata (diagnóstico rural participativo y aspectos ecológicos y económicos).

El objetivo del peritaje independiente es abordar los puntos de controversia que todavía existen luego de la misión de verificación y recopilación de información adicional.